علوم زیستی دریا
لیلا عالمی نیسی؛ محمد علی سالاری علی‌آبادی؛ حسین ذوالقرنین؛ حسین پاشا زانوسی
چکیده
به منظور بررسی ساختار جمعیتی خیار دریایی گونه Holothuria parva در دو منطقه بندر بستانه و بندر دیر، از روش توالی یابی ژن 16S rRNA استفاده گردید. در مجموع 417 جایگاه نوکلئوتیدی بررسی شد که پس از بررسی در پایگاه داده ای NCBI، توالی‌ها با ژن 16S rRNA همخوانی داشتند و تعلق نمونه‌ها به گونه H. parva تایید شد. در مجموع در دو منطقه 4 هاپلوتایپ شناسایی شد که یکی از ...
بیشتر
به منظور بررسی ساختار جمعیتی خیار دریایی گونه Holothuria parva در دو منطقه بندر بستانه و بندر دیر، از روش توالی یابی ژن 16S rRNA استفاده گردید. در مجموع 417 جایگاه نوکلئوتیدی بررسی شد که پس از بررسی در پایگاه داده ای NCBI، توالی‌ها با ژن 16S rRNA همخوانی داشتند و تعلق نمونه‌ها به گونه H. parva تایید شد. در مجموع در دو منطقه 4 هاپلوتایپ شناسایی شد که یکی از هاپلوتایپها در دو منطقه مشترک بود. بندر بستانه دارای 3 هاپلوتایپ و بندر دیر دارای 2 هاپلوتایپ بودند. تنوع هاپلوتایپی در بستانه 83 درصد و در دیر 50 درصد تخمین زده شد. تنوع نوکلئوتیدی در بستانه و دیر به ترتیب 007/0 و 002/0 برآورد شد. شاخص ژنتیکی (Fst) ناچیز 000/0 و نرخ واگرائی (Dxy) 0048/0 و جریان ژنی (Nm) بالا 1874 بین دو منطقه برآورد گردید. بر اساس نتایج به دست آمده از این بررسی، احتمالا نمونههای بندر بستانه و بندر دیر از یک جمعیت یکسان هستند که به دلیل جریان ژنی بالا بین دو منطقه تمایز زیادی از هم ندارند و وجود هاپلوتایپ مشترک نیز بیانگر وجود نیای مشترک H. parva در دو منطقه میباشد.
زینب احمدی؛ حسین ذوالقرنین؛ بیتا ارچنگی؛ ابراهیم رجب زاده
چکیده
16S rRNA یکی از اجزای بخش بزرگ ریبوزومی می باشد که بوسیله‌ی ژنوم میتوکندریایی کد می‌شود و به طور گسترده‌ای در مطالعات فیلوژنتیکی مربوط به گونه‌های نزدیک و به خصوص گونه های مربوط به Crassostrea مورد استفاده قرار می‌گیرد. پلی مورفیسم توالی نوکلئوتیدی مربوط به ژن 16S rRNA ژنوم میتوکندریایی اویستر خلیج فارس (Crassostrea sp.)، در 30 نمونه اویستر جمع آوری ...
بیشتر
16S rRNA یکی از اجزای بخش بزرگ ریبوزومی می باشد که بوسیله‌ی ژنوم میتوکندریایی کد می‌شود و به طور گسترده‌ای در مطالعات فیلوژنتیکی مربوط به گونه‌های نزدیک و به خصوص گونه های مربوط به Crassostrea مورد استفاده قرار می‌گیرد. پلی مورفیسم توالی نوکلئوتیدی مربوط به ژن 16S rRNA ژنوم میتوکندریایی اویستر خلیج فارس (Crassostrea sp.)، در 30 نمونه اویستر جمع آوری شده از بندر امام خمینی مورد بررسی قرار گرفت. واکنش زنجیرهای PCR از طریق یک جفت آغازگر برای تمام نمونه‌ها انجام و سپس محصولات PCR، توالی یابی اتوماتیک شدند. سپس اطلاعات بدست آمده از طریق برنامهها و نرم افزارها مورد آنالیز قرار گرفتند. برای ژن مورد بررسی تنها 2 موتاسیون مشاهده شد و تنوع نوکلئوتیدی (Pi) 00061/0 محاسبه گردید. در میان 30 نمونه، تعداد 3 هاپلوتیپ شناسایی شد میانگین تنوع هاپلوتیپی (Hd) 195/0 محاسبه گردید. هاپلوتیپهای بدست آمده از تحقیق حاضر برای اولین بار در بانک ژنی ثبت گردیدند. رسم درخت های فیلوژنی حاصل از داده های توالی یابی ژن مورد نظر هیچ جدائی مشخصی را برای نمونه های مورد مطالعه در بندر امام خمینی فراهم نکرد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که تمایز توالی پائینی در جمعیت مورد بررسی در بندر امام خمینی وجود دارد.