بررسی تنوع ژنتیکی جمعیت‌‌های نرم تن مرکب (Sepia pharaonis) به روش میکروستلایت در مناطق بندرعباس و بوشهر

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 گروه زیست شناسی دریا، دانشکده علوم دریایی و اقیانوسی، دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر، خرمشهر

2 گروه شیلات دانشکده مهندسی منابع طبیعی دریا، دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر، خرمشهر

3 مرکز مطالعات و پژوهش های خلیج فارس، دانشگاه خلیج فارس، بوشهر، ایران

چکیده

در این مطالعه به منظور بررسی تنوع ژنتیکی جمعیت‌‌های ماهی مرکب ببری در دو منطقه بندرعباس و بوشهر با استفاده از 6 جفت از نشانگرهای ملکولی میکروستلایت، تعداد 51 نمونه از مناطق بندرعباس و بوشهر جمع آوری و مقداری از بازوی (تانتاکول) هر نمونه در الکل اتیلیک 96 درصد قرارداده شد و به آزمایشگاه بیوتکنولوژی دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر منتقل گردید.DNA ژنومی به روش CTABیک درصد استخراج و کمیت وکیفیت DNA استخراجی با استفاده از روش اسپکتوفتومتر و الکتروفورز ژل آگاروز یک درصد تعیین گردید. واکنش زنجیره ای پلی مراز با استفاده از 6 جفت آغازگر ریزماهواره ای انجام گرفت و محصولات PCR روی ژل اکریل آمید 8 درصد الکتروفورز و با نیترات نقره رنگ آمیزی گردید که 4 جفت از پرایمرها پلی مورف و 2 جفت مونومورف بودند. پس از شمارش و اندازه گیری آلل ها، پارامترهای ژنتیک جمعیت با استفاده از نرم افزارهای Arlequin وGenAlex محاسبه و رابطه فیلوژنیکی بین نمونه ها با استفاده از نرم افزار TFPGA رسم گردید. نتایج بدست آمده نشان داد که میزان فاصله ژنتیکی و شباهت ژنتیکی بین مناطق به ترتیب 282/0 و 754/0 می‌باشد و میزان تمایز ژنتیکی پایین 031/0 بین مناطق مشاهده گردید. یافته های حاصل از این پژوهش نشان از تنوع ژنتیکی پایین اما معنی دار بین جمعیت های مورد مطالعه دارد و احتمالاً ماهی مرکب ببری دارای دو جمعیت می باشد. این یافته ها اطلاعات مفیدی را جهت حفاظت و مدیریت این گونه در خلیج فارس فراهم می کند.

کلیدواژه‌ها

موضوعات


Adcock, G.J., Shaw, P.W., Rodhouse, P.G., Carvalho, G.R. 1999. Microsatellite analysis of genetic diversity in the squid Illexargentinus during a period of intensive fishing.Marine Ecology Progress Series. 187: 171-178.

Anderson, F.E., Valinassab, T., Ho, C.W., Mohamed, K.S., Asokan, P.K., Rao, G.S., Nootmorn, P., Chotiyaputta, C., Dunning, M., Lu, C.C. 2007.Phylogeography of the pharaoh cuttle Sepia pharaonis based on partial mitochondrial 16S sequence data. Reviews in Fish Biology and Fisheries. 17: 345-352.

Bassam, B. J., Caetano-Anolles, G. and Gresshoff, G. M. 1991. Fast and sensitive silver staining of DNA in polyacrylamide gels. Analytical biochemistry 84: 680-683.

Belkhir, K., Borsa, P., Chikhi, L., Raufaste, N., Bonhomme, F. 2004. GENETIX 4.05, Population genetics software for Windows TM. Université de Montpellier II. Montpellier.

Boal, J.G., Prosser, K.N., Holm, J.B., Simmons, T.L., Haas, R.E., Nagle, G.T. 2010. Sexually mature cuttlefish are attracted to the eggs of conspecifics. Journal of chemical ecology. 36: 834-836.

 Boyle, P., Boletzky, S. 1996. Cephalopod populations: definition and dynamics. Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences. 351: 985-1002.

 Carpenter, K., Krupp, F., Jones, D., Zajonz, U. 1997.FAO species identification field guide for fishery purposes.The living marine resources of Kuwait, Eastern Saudi Arabia, Bahrain, Qatar, and the United Arab Emirates.

Diz, A.P., Presa, P. 2009. The genetic diversity pattern of Mytilus galloprovincialis in Galician Rías (NW Iberian estuaries). Aquaculture. 287: 278-285.

Doubleday, Z.A., Semmens, J.M., Smolenski, A.J., Shaw, P.W. 2009. Microsatellite DNA markers and morphometrics reveal a complex population structure in a merobenthic octopus species (Octopus maorum) in south-east Australia and New Zealand. Marine biology. 156: 1183-1192.

Garoia, F., Guarniero, I., Ramšak, A., Ungaro, N., Landi, M., Piccinetti, C., Mannini, P., Tinti, F. 2004. Microsatellite DNA variation reveals high gene flow and panmictic populations in the Adriatic shared stocks of the European squid and cuttlefish (Cephalopoda). Heredity. 93: 166-174.

Hickman, C. P., Roberts, L. S and Larson, A. 2003. Animal Biodiversity. 464p

Khodadadi R., Yahyavi, M., Ghorbani, R., Shabani, M.J .2010. Spawning season and fecundity of Sepia pharaonis In Bushehr coastal waters (Persian Gulf). Iranian Scientific Fisheries Journal.19:31-38.

Lindgren, A.R., Giribet, G., Nishiguchi, M. 2004.A combined approach to the phylogeny of Cephalopoda (Mollusca).Cladistics. 20: 454-486.

Miller, M.P. 1997. Tools for population genetic analyses (TFPGA) 1.3: A Windows program for the analysis of allozyme and molecular population genetic data. Computer software distributed by author.4, 157.

Nahavandi, R .Rezvani, S. Vousoghi, Gh. Kazemi, B. 2005. Gene 18S rRNA variation  of cuttle fish of population (Sepia pharaonis) in Persian Gulf and Oman sea using PCR-RFLP method. Iranian Scientific Fisheries Journal.14:157-168.

Nei, M. 1972. Genetic distance between populations.American naturalist. 283-292.

Oosterhout, C. V., Hutchinson, W. F., Wills, D.  P. M. and Shipley, P. 2004. Micro-checker: software for identifying and correcting genotyping errors in microsatellite data. Molecular Ecology Notes. 4: 535-538.

Peakall, R., Smouse, P.E. 2006. GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research.Molecular Ecology Notes. 6: 288-295.

Shaw, P. 2003. Polymorphic microsatellite DNA markers for the assessment of genetic diversity and paternity testing in the giant cuttlefish, Sepia apama (Cephalopoda). Conservation Genetics. 4: 533-535.

Shaw, P., Pérez Losada, M. 2000.Polymorphic microsatellites in the common cuttlefish Sepia officinalis (Cephalopoda).Molecular Ecology. 9: 237-238.

Wang, H., Lin, L., Liu, S.F., Jiang, Z.Q. 2010. Isolation and characterization of polymorphic microsatellite loci in golden cuttlefish (Sepia esculenta). Molecular Ecology Resources, 1-9.

Weir, B.S., Cockerham C.C. 1984. Estimating F-statistics for the analysis of population structure. Evolution, 38:1358–1370.

Winnepenninckx, B., Backeljau, T., Dewachter, R. 1993. Extraction of high-molecular-weight DNA from mollusks.TRENDS in Genetics.9, 407.

Wolfram, K., Mark, F.C., John, U., Lucassen, M., Pörtner, H.O. 2006. Microsatellite DNA variation indicates low levels of genetic differentiation among cuttlefish (Sepia officinalis L.) populations in the English Channel and the Bay of Biscay. Comparative Biochemistry and Physiology Part D: Genomics and Proteomics. 1: 375-383.

Wright, S. 1978. Evolution and the genetics of populations.Variability within and among natural populations.Vol. 4. University of Chicago press, Chicago, IL, USA.

Zheng, X., Ikeda, M., Kong, L., Lin, X., Li, Q., Taniguchi, N. 2009. Genetic diversity and population structure of the golden cuttlefish, Sepia esculenta (Cephalopoda: Sepiidae) indicated by microsatellite DNA variations. Marine Ecology. 30: 448-454.