بررسی ژنتیکی شوورت ماهی نقره ای Sillago sihama در آبهای شمال خلیج فارس بر پایه توالی ژن سیتوکروم اکسیداز C زیر واحد I

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانشگاه خلیج فارس، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی دشتستان، گروه شیلات

2 گروه زیست فناوری دریا، دانشکده علوم و فنون دریایی، دانشگاه خلیج فارس، بوشهر

3 گروه شیلات، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه خلیج فارس، بوشهر

4 گروه سلولی ملکولی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه خلیج فارس، بوشهر

چکیده

خانواده شوورت ماهیان (Sillaginids) از راسته سوف ماهی سانان (Perciformes)، نامزد مناسبی برای آبزی پروری در مناطق مصبی و کم عمق به شمار می روند. این خانواده دارای دست کم سه گونه در آبهای خلیج فارس می باشد. بررسی ژنتیکی گونه غالب این خانواده، شوورت ماهی نقره ای Sillago sihama با استفاده از ژن COI مورد ارزیابی قرار گرفت. در این بررسی، تعداد 10 نمونه از گونه مورد نظر از سواحل هر یک از استان های بوشهر و هرمزگان صید، شناسایی ریخت شناختی و بررسی ملکولی گردید. استخراج DNA با استفاده از روش اصلاح شدهCTAB انجام شد. جهت انجام واکنش های زنجیره ای پلیمراز از آغازگرهای جهانیFISH F1 وFISH R1 استفاده گردید. نتایج حاصل از تعیین توالی نشان داد که قطعه تکثیر شده، ٦۲٧ جفت باز طول دارد. نتایج BLAST نشان دهنده همانندی بالا به گونه شوورت ماهی نقره ای بود، بنابراین داده های ملکولی منبطق بر رده بندی ریخت شناختی این گونه بود. فاصله ژنتیکی کلی بین نمونه های دو ناحیه مذکور بر اساس Kimura 2- parameter، با استفاده از نرم افزار مگا ٠۲/٠ گردید. ترسیم درخت فیلوژنتیکی به روش پیوند همجواری (NJ) در مقابل برون گونه (Acanthopagrus latus) نشان داد نمونه های دو استان از همدیگر قابل تفکیک نیستند. با توجه به نتایج بدست آمده ، نمونه های بررسی شده دارای تبادل ژنی بالا هستند و تمایز بالایی میان دو استان هرمزگان و بوشهر ندارند. بنابراین درباره گونه شوورت ماهی نقره ای نمی توان دو جمعیت مجزا را بر اساس داده های این بررسی در نظر گرفت.

کلیدواژه‌ها

موضوعات


Abedi, E., Zolgharnein, H., Salari, M.A., Mohamadi, M., Ghasemi, A., Archangi, B. and Mirza,  R. 2011. Study of genetic diversity of Scomberomorus comerson using microsatellite markers in Persian Gulf.Journal of Marine Science and Technology. 9(4):83-89

Aquilino S V L., Tango  J M., Fontanilla  I K C., Pagulayan R C., Basiao Z U., Ong P S. and Quilang J P. 2011. DNA barcoding of the ichthyofauna of Taal Lake, Philippines. Molecular Ecology Resources. 11: 612–619

Ausubel F M., Brent  R., Kingston R E., Moore D D., Seidman J G., Smith J A., and Struhl  K. 1994. Current Protocols in Molecular Biology. New York City. NY: 201-214.

Blegvad  H., and Loppenthin  B. 1944. Fishes of the Iranian Gulf. Danish Scientific Investigations in Iran, (3), Einar Munksgaard, Copenhagen, 247 pp.

Avise  J.C. 2004. Molecular markers, natural history and evolution. Sinauer: Sunderland, Massachusetts. 684pp.

Campton  D.E. 2004. "Sperm competition in salmon hatcheries: the need to institutionalize genetically benign spawning protocols". Transactions of the American Fisheries Society. 133(3): 1277-1289.

Das  I.K., Fakrudin  B., and Arora  D.K. 2008. "RAPD cluster analysis and chlorate sensitivity of some indian isolates Macrophomina phaseolina from sorghum and their relationship with pathogenicity". Microbical Research. 163: 215-224.

Dominguez  O.D., Alda  F., Perez-Ponce de Leon  G., García- Garitagoitia  J.L. and Doadrio  I. 2008. Evolutionary history of the endangered fish Zoogoneticus quitzeoensis (Bean  1898) (Cyprinodontiformes: Goodeidae) using a sequential approach to phylogeography based on mitochondrial and nuclear DNA data. BMC Evolutionary Biology. 8(161): 1-19.

Garcia-Vazquez, E., Alvarez  P., Lopes  P., Karaiskou  N., Pérez  J., Teia  A., Martinez  J.L., Gomes  L and Triantaphyllidis  C. 2006. PCR-SSCP of the 16S rRNA gene, a simple methodology for species identification of fish eggs and larvae. Scientica Marina 70(Suppl 2):13–21

Gold  J.R., Richardson  L.R., Furman  C. and King  T.L. 1993. Mitochondrial DNA differentiation and population structure in red drum (Sciaenops ocellatus) from the Gulf of Mexico and Atlantic Ocean. Marine Biology. 116: 175-18.

Hall, T.A.  1999.  BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series. 41:95-98. 

 Hebert  P.D.N., Cywinska A., Ball  S.L., and deWaard  J.R. 2003. Biological identifications through DNA barcodes. Proceeding of the Royal Society of London Series B: Biological Sciences. 270: 313–322.

 Hudson R.R., Slatkin  M., and Maddison  W.P. 1992. Estimation of levels of gene flow from DNA sequence data. Genetics. 132(2):583-9.

 Ivanova  N.V and Zemlak  T.S., Hanner RH  and Hebert P.D.N. 2007. Universal primer cocktails for fish DNA barcoding. Molecular Ecology Notes. 7:544–548

Kruck N.C., Tibbetts  I.R., Ward  R.D., Johnson  J.W., Loh  W.K.W. and          Ovenden  J.R. 2013 . Multi-gene barcoding to discriminate sibling species within a morphologically difficult fish genus (silage). Fisheries Research. 143: 9-46

 Lakra W. S., Verma  M. S., Goswami  M., Lal  K. K., Mohindra  V., Punia  P., Gopalakrishnan  A., Singh  K.V., Ward  R.D. and and Hebert P. 2011. DNA barcoding Indian marine fishes. Molecular Ecology Resources. 11: 60–71.

Larkin  M.A., Blackshields  G., Brown  N.P., Chenna  R., McGettigan  P.A., McWilliam  H., Valentin  F., Wallace  I.M., Wilm  A., Lopez  R., Thompson  J.D., Gibson  T.J., and Higgins  D.G. 2007. Clustal W and Clustal X version 2.0 Bioinformatics. 23: 2947-2948

McAndrew B. 2001." Rapid genetic improvement in aquaculture in: Coimbera, J. (Ed), Modern aquaculture in the Coastal Zone- Lessons and Opportunities". IOS Press: Amsterdam, Netherlands. 212-230 p.

McKay  R.J. 1992.  Sillaginid fishes of the world. (Family Sillaginidae). An Annotated and Illustrated  catalogue of the Sillago, Smelt or Indo-Pacific Whiting Species Known to Date. FAO. Fisheries Synopsis. 125: 14, 87 p.

Moritz C. 1994. "Defining ‘evolutionary significant units’ for conservation". Trends in Ecology and Evolution. 9(10): 373–375.

Tajan M N., Ghasemi S A. and Gharibkhani M. 2016.  Population genetic diversity of Otolithes ruber in Persian Gulf and Oman sea by sequencing miochonrial 16s rRNA gene. Journal of Marine Biology(in Persian).8(3): 1-12

Park L., Moran P., and Dightman D. 1995. A polymorphism in intron D of the chinook salmon growth hormone 2 gene. Animal Genetics. 26: 285-285

Rodriguez  C.R., Cho  E.J, Keogh  M.C., Moore  C.L., Greenleaf  A.L., and Buratowski  S. 2000. Kin28, the TFIIH-associated carboxy-terminal domain kinase, facilitates the recruitment of mRNA processing machinery to RNA polymerase II. Molecular and Cellular Biology. 20(1):104-12

Shadi, A. 2014. Morphologic and Genetic Differentiation of Sillaginids from North Persian Gulf. Ph.D. thesis. Khoramshahr University of Marine Science and Technology. 123pp

Shadi, A., Zolgharnein,  H., Salari-aliabadi,  M., Nabavi,  M., Ronagh,  M. 2014. Genetic characterization of Sillago sp. from Hormozgan coastal waters using microsatellite  arkers. Journal of Marine Science and Technology. 13(2), 1-10.

Shaklee J. B., Tamaru C.S. and Waples, R.S. 1982. Speciation and evolution of marine fishes studied by electrophoretic analysis of proteins. Pacific Science. 36: 141-157.

Stammatis C., Triantafyllidis  A., Moutou  A. and Mamuris  Z. 2004. Mitochondrial DNA variation in Northeast Atlantic and Mediterranean populations of Norway lobster, Nephrops norvegicus. Molecular Ecology. 13: 1377 – 1390.

Stepien  C.A. 1999. Phylogeographical structure of Dover sole Microstomus pacificus: the larval retention hypothesis and genetic divergence along the deep continental slope of the northeastern Pacific Ocean. Molecular Ecology. 8: 923-939.

Tamura  K., Dudley  J., Nei  M., and Kumar  S., 2007. MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular Biology and Evolution. 24: 1596-1599.

Thorpe J.P. and Sol-cava A.M. 1994. The use of allozyme electrophoresis in vertebrate systematics. Zoologica scripta. 23: 3-18

Ward, R.D., Zemlak  T.S., Innes  B.H., Last  P.R. and Hebert  P.D.N. 2005. DNA barcoding Australia’s fish species. Philosophical Transactions of the Royal Society of London Biological. 360(1462):1847-57.

Wilson  A.C., Cann  R.L., Carr  S.M., George  M., Gyllensten  U.B., Helm-Bychowski  K.M., Higuchi  R.G., Palumbi  S.R., Prager  E.M., Sage  R.D. and Stoneking  M. 1985. Mitochondrial DNA and two perspectives on evolutionary genetics. Biological Journal of Linnaean Society. 26: 375–400.

Wright  S. 1987. Evolution and the genetics of populations, vol. 4: variability within and among natural populations. University of Chicago Press Chicago. 584pp.

Yavarmoghadam,  H., Zolgharnein,  H., Salari Aliabadi, M., Keyvan, S. and Modarresi, M. 2017. Assay of Genetic diversity of cuttlefish (Sepia pharaonis ;Ehrenberg, 1831) populations using microsatellite markers in Bandarabass and Bushehr regions. Journal of Marine Science and Technology. 16(2), 1-7.