نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 گروه علوم گیاهی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران

2 گروه علوم گیاهی، دانشکده زیست شناسی، پردیس علوم، دانشگاه تهران، تهران، ایران

3 گروه علوم زیستی دریا، پژوهشکده علوم دریایی، پژوهشگاه ملی اقیانوس‌شناسی و علوم جوی، تهران، ایران

چکیده

مطالعه بیان ژن ها می تواند اطلاعات مهمی از سازوکار ها و راهبردهای فیزیولوژیکی که توسط گیاهان در شرایط تنشی رخ می دهد را روشن نماید. انتخاب ژن های کنترل داخلی مناسب برای تعیین سطوح بیان ژن ها بسیار مهم و ضروری است. تاکنون برای گیاه مانگرو Avicennia marina مطالعه ای در ارتباط با معرفی ژن های مرجع مناسب برای نرمال سازی داده های RT-qPCR گزارش نشده است. در این مطالعه پایداری بیان چهار ژن مرجع اکتین 2 (ACT2)، زیرواحد A3 سرین/ترئونین فسفاتاز 2A(PP2AA3)، TIP-Like، پلی یوبی کوئیتین 10 (UBQ)، در برگ و ریشه گیاه حرا در غلظت های مختف نفت مورد بررسی قرار گرفت. سه نرم افزار (Best Keeper، NormFinder و gNorm) برای آنالیز رتبه بندی ژن ها مورد استفاده قرار گرفت. نتایج نشان داد که ژن ACT یک ژن مرجع مناسب برای گیاه حرا تحت تیمار نفتی است اما استفاده از دو یا سه ژن برای دست یافتن به دقت بالاتر پیشنهاد شد. شناسایی ژن های مرجع در نمونه های بیشتر و تحت شرایط تنشی متنوع تر در آزمایش های آتی به ویژه در تنش های مشابه پیشنهاد شده است.

کلیدواژه‌ها

موضوعات

Czechowski, T., Stitt, M., Altmann, T., Udvardi, M.K. and Scheible, W.-R. 2005. Genome-wide identification and testing of superior reference genes for transcript normalization in Arabidopsis. Plant Physiology. 139(1): 5-17.
Die, J.V., Román, B., Nadal, S. and González-Verdejo, C.I. 2010. Evaluation of candidate reference genes for expression studies in Pisum sativum under different experimental conditions. Planta. 232(1): 145-153.
Ebrahimi-Sirizi, Z. and Riyahi-Bakhtiyari, A. 2013. Petroleum pollution in mangrove forests sediments from Qeshm Island and Khamir Port—Persian Gulf, Iran. Environmental Monitoring and Assessment. 185(5): 4019-4032.
Heid, C.A., Stevens, J., Livak, K.J. and Williams, P.M. 1996. Real time quantitative PCR. Genome Research. 6(10): 986-994.
Higuchi, R., Fockler, C., Dollinger, G. and Watson, R. 1993. Kinetic PCR analysis: real-time monitoring of DNA amplification reactions. Biotechnology. 11: 1026-1030.
Hong, S.M., Bahn, S.C., Lyu, A., Jung, H.S. and Ahn, J.H. 2010. Identification and testing of superior reference genes for a starting pool of transcript normalization in Arabidopsis. Plant and Cell Physiology. 51(10): 1694-1706.
Hu, R., Fan, C., Li, H., Zhang, Q. and Fu, Y.-F. 2009. Evaluation of putative reference genes for gene expression normalization in soybean by quantitative real-time RT-PCR. BMC Molecular Biology. 10(1): 1.
Kong, Q., Yuan, J., Gao, L., Zhao, S., Jiang, W., Huang, Y. and Bie, Z. 2014a. Identification of suitable reference genes for gene expression normalization in qRT-PCR analysis in watermelon. PloS one. 9(2): e90612.
Kong, Q., Yuan, J., Niu, P., Xie, J., Jiang, W., Huang, Y. and Bie, Z. 2014b. Screening suitable reference genes for normalization in reverse transcription quantitative real-time PCR analysis in melon. PloS one. 9(1): e87197.
Kozera, B. and Rapacz, M. 2013. Reference genes in real-time PCR. Journal of Applied Genetics. 54(4): 391-406.
 
Kulcheski, F.R., Marcelino-Guimaraes, F.C., Nepomuceno, A.L., Abdelnoor, R.V. and Margis, R. 2010. The use of microRNAs as reference genes for quantitative polymerase chain reaction in soybean. Analytical Biochemistry. 406(2): 185-192.
Li, X.-S., Yang, H.-L., Zhang, D.-Y., Zhang, Y.-M. and Wood, A.J. 2012. Reference gene selection in the desert plant Eremosparton songoricum. International journal of molecular sciences. 13(6): 6944-6963.
Lilly, S., Drummond, R., Pearson, M. and MacDiarmid, R. 2011. Identification and validation of reference genes for normalization of transcripts from virus-infected Arabidopsis thaliana. Molecular Plant-Microbe Interactions. 24(3): 294-304.
Løvdal, T. and Lillo, C. 2009. Reference gene selection for quantitative real-time PCR normalization in tomato subjected to nitrogen, cold, and light stress. Analytical Biochemistry. 387(2): 238-242.
Peng, Y.-L., Wang, Y.-S. and Gu, J.-D. 2015. Identification of suitable reference genes in mangrove Aegiceras corniculatum under abiotic stresses. Ecotoxicology. 24(7-8): 1714-1721.
Ramakers, C., Ruijter, J.M., Deprez, R.H.L. and Moorman, A.F. 2003. Assumption-free analysis of quantitative real-time polymerase chain reaction (PCR) data. Neuroscience Letters. 339(1): 62-66.
Rashvand, S. and Sadeghi, S.M. 2014. Distribution, Characteristics and Economic Importance of Mangrove Forests in Iran. Mangrove Ecosystems of Asia. Springer. pp. 95-126.
Remans, T., Smeets, K., Opdenakker, K., Mathijsen, D., Vangronsveld, J. and Cuypers, A. 2008. Normalisation of real-time RT-PCR gene expression measurements in Arabidopsis thaliana exposed to increased metal concentrations. Planta. 227(6): 1343-1349.
Ruijter, J., Ramakers, C., Hoogaars, W., Karlen, Y., Bakker, O., Van den Hoff, M. and Moorman, A. 2009. Amplification efficiency: linking baseline and bias in the analysis of quantitative PCR data. Nucleic Acids Research. 37(6): e45-e45.
Schena, M., Shalon, D., Davis, R.W. and Brown, P.O. 1995. Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray. Science. 270(5235): 467.
Shivhare, R., Lata, C. 2016. Selection of suitable reference genes for assessing gene expression in pearl millet under different abiotic stresses and their combinations. Scientific Reports. 7: 40290 DOI: 10.1038/srep40290
Suzuki, T., Higgins, P. and Crawford, D. 2000. Control selection for RNA quantitation. BioTechniques. 29(2): 332-337.
Thellin, O., Zorzi, W., Lakaye, B., De Borman, B., Coumans, B., Hennen, G., Grisar, T., Igout, A. and Heinen, E. 1999. Housekeeping genes as internal standards: use and limits. Journal of Biotechnology. 75(2): 291-295.
Tian, C., Jiang, Q., Wang, F., Wang, G.-L., Xu, Z.-S. and Xiong, A.-S. 2015. Selection of suitable reference genes for qPCR normalization under abiotic stresses and hormone stimuli in carrot leaves. PloS one. 10(2): e0117569.
van Bochove, J., Sullivan, E. and Nakamura, T. 2014. The importance of mangroves to people: A call to action. United Nations Environment Programme.
Wang, H., Wang, J., Jiang, J., Chen, S., Guan, Z., Liao, Y. and Chen, F. 2014. Reference genes for normalizing transcription in diploid and tetraploid Arabidopsis. Scientific reports. 4: 6781.
Wang, X., Liu, Y. and Yang, P. 2012. Proteomic studies of the abiotic stresses response in model moss–Physcomitrella patens. Frontiers in plant science. 3: 258.
Yang, Y., Hou, S., Cui, G., Chen, S., Wei, J. and Huang, L. 2010. Characterization of reference genes for quantitative real-time PCR analysis in various tissues of Salvia miltiorrhiza. Molecular Biology Reports. 37(1): 507-513
 
.